Zespół Pradera-Williego jest schorzeniem bardzo złożonym. Oznacza to, że występuje w nim wiele różnych objawów, z których każdy wymaga specjalnego postępowania i leczenia. Wiotkość (hipotonia) wymaga rehabilitacji (np. metodą Vojty, NDT Bobath), obniżona przemiana materii – restrykcyjnej diety niskokalorycznej, a niedorozwój mięśni i niski wzrost – leczenia hormonem wzrostu. Problemom tym trzeba stawić czoła odpowiednio wcześnie. Jeżeli tego nie zrobimy, zakłócą one przebieg rozwoju dziecka i doprowadzą do powstania kolejnych poważnych powikłań. Brak rehabilitacji spowoduje narastanie opóźnień rozwojowych, a bez diety i programu aktywności ruchowej dziecko w krótkim czasie stanie się monstrualnie otyłe. Otyłość z kolei wywoła wtórnie choroby, takie jak cukrzyca, niewydolność serca i układu krążenia, choroby stawów i poważne skrzywienia kręgosłupa, które uniemożliwią wdrożenie leczenia hormonem wzrostu.